DNAシークエンサー

DNAシークエンサー
機種：	Applied Biosystems 3500 Genetic Analyzer-A (Available for sequencing and fragment analysis)
設置場所：	306
備考：	Applied Biosystems 3500 Genetic Analyzer-A（ドラフト横のマシン）では、シークエンスとフラグメント解析が可能です。キャピラリーDNAシークエンサー3500-A予約ルール以下の枠（3時間）で予約をしてください。（2:00-5:00のような予約は不可） 0:00-3:00, 3:00-6:00, 6:00-9:00, 9:00-12:00, 12:00-15:00, 15:00-18:00, 18:00-21:00, 21:00-24:00/0:00 予約は1人1回まで。1回の利用は連続した2枠（6時間）まで。（シークエンサーの利用が終了してから次の予約を入れるようにしてください）（2022年12月23日） DNAシークエンサーの夜間枠（午後9時〜午前9時）を有効に活用していただくため、通常の予約（1人1回、1回は連続2枠まで）に加えて、21:00〜09:00の4枠の予約を以下のように可能とします。 21:00〜09:00（午後9時〜午前9時）の4枠については、前日の09:00（午前9時）以降に自由に予約可能とする。（通常の予約に加えて予約可能）（例）12月23日の09:00（午前9時）以降に、12月24日21:00〜12月25日09:00の4枠を自由に予約することができる。 3500使用マニュアル 3500使用マニュアル（2022.9.29） 3500 Operation Manual (English) (2022.9.29) ＜機器添付の説明書類＞閲覧パスワードが必要です。閲覧パスワードは遺伝子機能解析部門事務室にお問い合わせ下さい。日本語操作ガイド（簡易ガイド：こちらを参照してください）ユーザーガイドパート1 オペレーション編（詳細なガイド）ユーザーガイドパート2 リファレンス編（詳細なガイド） Sequencing Analysis Software 6 クイックリファレンス BigDye Direct Cycle Sequencing Kit BigDye Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kit 日本語プロトコール BigDye Terminator v3.1 v1.1 Cycle Sequencing Kit BigDye XTerminator 精製キット精製プロトコール DNA Sequencing Analysis ソフトウェアユーザーガイド GeneMapper Software 5 簡易操作ガイド Variant Reporter ソフトウェア2 簡易操作ガイドその他のお願い利用中止が決まったらなるべく早く予約をキャンセルして下さい。空いた枠を他の人が利用できるよう、必ず予約表のキャンセルをお願いします。予約枠に合わせた利用をお願いします。2枠予約していながら、1回しか利用していないケースも見受けられます。なるべく多くの人が利用できるよう、開始時間を守って枠をまたぐ使用はしないで下さい。大量サンプル解析のため連続して3枠以上の運転が必要な場合は、遺伝子機能教員にご相談ください。キャピラリーDBAシークエンサーは多くの人に利用されている共通機器です。なるべく多くの人が待ち時間なく利用できるよう、適切な予約と利用をお願いします。 50 cmキャピラリー（8本）、POP7によるSequence解析（BDTv3.1, BDTv1.1）およびFragment解析（Dye Set G5）で運用しています。（2025.6.26）・36 cmキャピラリー、POP4、POP6は使用できません。＜Sequence解析＞：BigDye Terminator v3.1を使用して下記のシークエンスが可能です。（BigDye Terminator v1.1も同様です）通常の方法でサンプル調製を行った場合（BigDye XTerminator Purification Kitを使用していない場合） AB Std_Seq-POP7 (BDv3.1-Std_Seq_Assay-POP7)：Standard Sequence AB Fast_Seq_Assay-POP7 (BDv3.1-Fast_Seq_Assay-POP7)：Fast Sequence AB Rapid_Seq_Assay-POP7 (BDv3.1-Rapid_Seq_Assay-POP7)：Rapid Sequence AB Short_Red_Seq_Assay-POP7 (BDv3.1-Short_Read_Seq_Assay-POP7）：Short_Read Sequence Run Startして1回目の泳動が始まるまでに、オーブン加熱時間20分がかかります。 Standard Sequence (850 b or greater and a run time of 2 hr) Fast Sequence (700 b and a run time of 65 min) Rapid Sequence (500b and a run time of 40 min) Short_Read Sequence (300 b and a run time of 30 min) BigDye Terminator Purification Kitを用いてサンプル調製を行った場合 X-BDv3.1-Std_Seq_Assay-POP7：Standard Sequence X-BDv3.1-Fast_Seq_Assay-POP7：Fast Sequence X-BDv3.1-Rapid_Seq_Assay-POP7：Rapid Sequence X-BDv3.1-ShortRead_Seq_Assay-POP7：Short_Read Sequence ＜Fragment解析＞以下のFragment解析が可能です。（2025.6.26）フラグメント解析試薬 Dye Set スタンダード試薬 5色DyeのAmpFISHER series G5 DS-33 Matrix Standards Authentifiler Kit G5 DS-33 Matrix Standards カスタムオリゴ（FAM/VIC/NED/PET/LIZ） G5 DS-33 Matrix Standards 現在Dye Set D, F, E5を使用する解析はできません（スペクトラルキャリブレーションを行っていません）。 Dye Set D, F, E5の利用を希望される場合は、担当者までお知らせ下さい。 3500 Genetic Analyzer使用説明会の動画ファイルを2025年度版島根大学Moodleに掲載しました。2025年4月3日島根大学Moodle（2025年度版）「遺伝子機能解析部門3500 Genetic Analyzer説明会」登録キー：3500GA
オンライン予約：	予約画面へ⇒ オンライン予約システム説明（Online Reservation System Manual）：オンライン予約システム説明 Online Reservation System Manual
担当者：	中川強・蜂谷卓士

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