DNAシークエンサー
機種:Applied Biosystems 3500 Genetic Analyzer-A (Available for sequencing and fragment analysis)
設置場所:306
備考: Applied Biosystems 3500 Genetic Analyzer-A(ドラフト横のマシン)では、シークエンスとフラグメント解析が可能です。

キャピラリーDNAシークエンサー3500-A予約ルール

以下の枠(3時間)で予約をしてください。(2:00-5:00のような予約は不可)
0:00-3:00, 3:00-6:00, 6:00-9:00, 9:00-12:00, 12:00-15:00, 15:00-18:00, 18:00-21:00, 21:00-24:00/0:00


予約は1人1回まで。1回の利用は連続した2枠(6時間)まで。
(シークエンサーの利用が終了してから次の予約を入れるようにしてください)


(2022年12月23日)
DNAシークエンサーの夜間枠(午後9時〜午前9時)を有効に活用していただくため、通常の予約(1人1回、1回は連続2枠まで)に加えて、21:00〜09:00の4枠の予約を以下のように可能とします。

21:00〜09:00(午後9時〜午前9時)の4枠については、前日の09:00(午前9時)以降に自由に予約可能とする。(通常の予約に加えて予約可能)


(例)12月23日の09:00(午前9時)以降に、12月24日21:00〜12月25日09:00の4枠を自由に予約することができる。

3500使用マニュアル

3500使用マニュアル(2022.9.29)
3500 Operation Manual (English) (2022.9.29)

<機器添付の説明書類>
閲覧パスワードが必要です。閲覧パスワードは遺伝子機能解析部門事務室にお問い合わせ下さい。

日本語操作ガイド(簡易ガイド:こちらを参照してください)
ユーザーガイド パート1 オペレーション編(詳細なガイド)
ユーザーガイド パート2 リファレンス編(詳細なガイド)
Sequencing Analysis Software 6 クイックリファレンス
BigDye Direct Cycle Sequencing Kit
BigDye Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kit 日本語プロトコール
BigDye Terminator v3.1 v1.1 Cycle Sequencing Kit
BigDye XTerminator 精製キット精製プロトコール
DNA Sequencing Analysis ソフトウェアユーザーガイド
GeneMapper Software 5 簡易操作ガイド
Variant Reporter ソフトウェア2 簡易操作ガイド


その他のお願い
  1. 利用中止が決まったらなるべく早く予約をキャンセルして下さい。空いた枠を他の人が利用できるよう、必ず予約表のキャンセルをお願いします。
  2. 予約枠に合わせた利用をお願いします。2枠予約していながら、1回しか利用していないケースも見受けられます。なるべく多くの人が利用できるよう、開始時間を守って枠をまたぐ使用はしないで下さい。
  3. 大量サンプル解析のため連続して3枠以上の運転が必要な場合は、遺伝子機能教員にご相談ください。

    キャピラリーDBAシークエンサーは多くの人に利用されている共通機器です。
    なるべく多くの人が待ち時間なく利用できるよう、適切な予約と利用をお願いします。

50 cmキャピラリー(8本)、POP7によるSequence解析(BDTv3.1, BDTv1.1)およびFragment解析(Dye Set G5)で運用しています。(2025.6.26)
・36 cmキャピラリー、POP4、POP6は使用できません。

<Sequence解析>:BigDye Terminator v3.1を使用して下記のシークエンスが可能です。
(BigDye Terminator v1.1も同様です)

通常の方法でサンプル調製を行った場合(BigDye XTerminator Purification Kitを使用していない場合)
 
AB Std_Seq-POP7 (BDv3.1-Std_Seq_Assay-POP7):Standard Sequence
AB Fast_Seq_Assay-POP7 (BDv3.1-Fast_Seq_Assay-POP7):Fast Sequence
AB Rapid_Seq_Assay-POP7 (BDv3.1-Rapid_Seq_Assay-POP7):Rapid Sequence
AB Short_Red_Seq_Assay-POP7 (BDv3.1-Short_Read_Seq_Assay-POP7):Short_Read Sequence
 
Run Startして1回目の泳動が始まるまでに、オーブン加熱時間20分がかかります。
 
Standard Sequence (850 b or greater and a run time of 2 hr)
Fast Sequence (700 b and a run time of 65 min)
Rapid Sequence (500b and a run time of 40 min)
Short_Read Sequence (300 b and a run time of 30 min)

BigDye Terminator Purification Kitを用いてサンプル調製を行った場合
 
X-BDv3.1-Std_Seq_Assay-POP7:Standard Sequence
X-BDv3.1-Fast_Seq_Assay-POP7:Fast Sequence
X-BDv3.1-Rapid_Seq_Assay-POP7:Rapid Sequence
X-BDv3.1-ShortRead_Seq_Assay-POP7:Short_Read Sequence


<Fragment解析>
以下のFragment解析が可能です。(2025.6.26)
 
フラグメント解析試薬
Dye Set
スタンダード試薬
5色DyeのAmpFISHER series
G5
DS-33 Matrix Standards
Authentifiler Kit
G5
DS-33 Matrix Standards
カスタムオリゴ(FAM/VIC/NED/PET/LIZ)
G5
DS-33 Matrix Standards

現在Dye Set D, F, E5を使用する解析はできません(スペクトラルキャリブレーションを行っていません)。
Dye Set D, F, E5の利用を希望される場合は、担当者までお知らせ下さい。
 

3500 Genetic Analyzer使用説明会の動画ファイルを2025年度版島根大学Moodleに掲載しました。2025年4月3日
 
島根大学Moodle(2025年度版)
「遺伝子機能解析部門3500 Genetic Analyzer説明会」
登録キー:3500GA
オンライン予約:  予約画面へ⇒  

オンライン予約システム説明(Online Reservation System Manual):
 
オンライン予約システム説明
 
Online Reservation System Manual

担当者: 中川強蜂谷卓士
発光・蛍光・可視光検出装置
 
←戻る


©島根大学 総合科学研究支援センター 遺伝子機能解析部門 shimane-u.org