DNAシークエンサー |
機種: | Applied Biosystems 3500 Genetic Analyzer |
設置場所: | 306 |
備考: |
キャピラリーDNAシークエンサー3500予約ルール
予約は1人1回まで。1回の利用は連続した2枠(6時間)まで。
(シークエンサーの利用が終了してから次の予約を入れるようにしてください)
(2022年12月23日)
DNAシークエンサーの夜間枠(午後9時〜午前9時)を有効に活用していただくため、通常の予約(1人1回、1回は連続2枠まで)に加えて、21:00〜09:00の4枠の予約を以下のように可能とします。
21:00〜09:00(午後9時〜午前9時)の4枠については、前日の09:00(午前9時)以降に自由に予約可能とする。(通常の予約に加えて予約可能)
(例)12月23日の09:00(午前9時)以降に、12月24日21:00〜12月25日09:00の4枠を自由に予約することができる。
3500使用マニュアル
3500の使用方法を説明したマニュアルです。オンライン機器使用予約のユーザー名とパスワードでご覧ください。
3500使用マニュアル(2022.9.29)
3500 Operation Manual (English) (2022.9.29)
<機器添付の説明書類>
閲覧パスワードが必要です。閲覧パスワードは遺伝子機能解析部門事務室にお問い合わせ下さい。
日本語操作ガイド(簡易ガイド:こちらを参照してください)
ユーザーガイド パート1 オペレーション編(詳細なガイド)
ユーザーガイド パート2 リファレンス編(詳細なガイド)
Sequencing Analysis Software 6 クイックリファレンス
BigDye Direct Cycle Sequencing Kit
BigDye Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kit 日本語プロトコール
BigDye Terminator v3.1 v1.1 Cycle Sequencing Kit
BigDye XTerminator 精製キット精製プロトコール
DNA Sequencing Analysis ソフトウェアユーザーガイド
GeneMapper Software 5 簡易操作ガイド
Variant Reporter ソフトウェア2 簡易操作ガイド
その他のお願い
- 利用中止が決まったらなるべく早く予約をキャンセルして下さい。空いた枠を他の人が利用できるよう、必ず予約表のキャンセルをお願いします。
- 予約枠に合わせた利用をお願いします。2枠予約していながら、1回しか利用していないケースも見受けられます。なるべく多くの人が利用できるよう、開始時間を守って枠をまたぐ使用はしないで下さい。
- 大量サンプル解析のため連続して3枠以上の運転が必要な場合は、遺伝子機能教員にご相談ください。
キャピラリーDBAシークエンサーは多くの人に利用されている共通機器です。
なるべく多くの人が待ち時間なく利用できるよう、適切な予約と利用をお願いします。
50 cmキャピラリー(8本)、POP7, BDTv31.1によるSequence解析で運用しています。
・BDTv1.1は通常は使用できません(BDTv1.1使用希望の場合は事前にStaffに連絡してください)。
・36 cmキャピラリー、POP4、POP6は使用できません。
- <Sequence解析>:BigDye Terminator v3.1を使用して下記のシークエンスが可能です。
- 通常の方法でサンプル調製を行った場合(BigDye XTerminator Purification Kitを使用していない場合)
- AB Std_Seq-POP7 (BDv3.1-Std_Seq_Assay-POP7):Standard Sequence
- AB Fast_Seq_Assay-POP7 (BDv3.1-Fast_Seq_Assay-POP7):Fast Sequence
- AB Rapid_Seq_Assay-POP7 (BDv3.1-Rapid_Seq_Assay-POP7):Rapid Sequence
- AB Short_Red_Seq_Assay-POP7 (BDv3.1-Short_Read_Seq_Assay-POP7):Short_Read Sequence
- Run Startして1回目の泳動が始まるまでに、オーブン加熱時間20分がかかります。
- Standard Sequence (850 b or greater and a run time of 2 hr)
- Fast Sequence (700 b and a run time of 65 min)
- Rapid Sequence (500b and a run time of 40 min)
- Short_Read Sequence (300 b and a run time of 30 min)
- BigDye Terminator Purification Kitを用いてサンプル調製を行った場合
- X-BDv3.1-Std_Seq_Assay-POP7:Standard Sequence
- X-BDv3.1-Fast_Seq_Assay-POP7:Fast Sequence
- X-BDv3.1-Rapid_Seq_Assay-POP7:Rapid Sequence
- X-BDv3.1-ShortRead_Seq_Assay-POP7:Short_Read Sequence
<Fragment解析>
Spectral Calibrationを実施していないため、現在(2022年9月29日)Fragment解析には使用できません。
Fragment解析には、Genetic Analyzer 3130xl(16本キャピラリー)をご利用下さい。
本機(Genetic Analyzer 3500)でFragment解析が実施できるようになりましたらお知らせします。
Spectral Calibrationを実施することにより、以下のDye Setが使用可能になります。
- Dye Set D
- Dye Set E5
- Dye Set F
- Dye Set G
3500 Genetic Analyzer使用説明会の動画ファイルを2023年度版島根大学Moodleに掲載しました。2023年4月1日
島根大学Moodle(2023年度版)
「遺伝子機能解析部門3500 Genetic Analyzer説明会」
登録キー:3500GA
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オンライン予約: | 予約画面へ⇒ |
担当者: | 中川強・蜂谷卓士
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